Étude paléogénomique du processus de domestication des chats

Les chats domestiques sont trouvés sur presque tous les continents. Animaux de compagnie dans les villes, ils sont des membres utiles aux communautés rurales du fait de leur rôle de souricier. Ce rôle serait la cause de sa domestication au Néolithique. Avec l'invention de l'agriculture, les céréales se seraient accumulées, attirant les rongeurs puis indirectement leur prédateur. Les chats auraient ensuite été diffusés le long des routes commerciales et militaires dès le Néolithique. Dans le but d'obtenir une vision précise du processus de domestication nous avons eu recours à une approche paléogénomique permettant le séquençage d'ADN ancien extrait à partir de restes fossiles de chats du genre Felis. L'objectif était d'abord d'établir une ligne de base à partir de génomes anciens précédents la domestication du chat et sa diffusion afin de caractériser les populations sauvages ancestrales et les changements génomiques liés aux évènements d'hybridation ou de domestication. Ensuite le but était d'intégrer les données génomiques et mitogénomiques de chats du Néolithique jusqu'à nos jours afin de suivre la diffusion des chats en Europe. Enfin à l'aide des génomes générés durant cette thèse, nous voulions caractériser la population des chats-renards Ghjatti Volpe. Nous avons adapté les méthodes d'extraction d'ADN aux caractéristiques de l'ADN ancien pour maximiser l'information obtenue à partir de chaque reste fossile. Nous avons optimisé les méthodes de construction de banques génomiques et de capture afin d'obtenir des informations à partir d'un maximum d'échantillons. Ces optimisations ont mené à l'obtention de 125 génomes anciens et de 202 mitogénomes anciens complets. Nous avons affiné la nomenclature des mitotypes à partir de 795 mitogénomes complets, anciens et modernes. Elle rend compte de l'évolution des lignées maternelles, en particulier des sous-clades IV-A1. Ces lignées ont en effet été détectées dès le PPNA dans des fonds génétiques F.s. ornata puis plus tard F.s. silvestris. Aujourd'hui encore les sous-clades IV-A1* et IV-A1a sont toujours présents dans les populations ornées et forestières respectivement. Nous avons également caractérisé des génomes anciens exempts de signature d'introgression, servant de référence pour détecter des signatures d'hybridation chez les chats anciens et modernes. Il apparaît que les chats font fi des classifications taxonomiques au moins depuis le PPNA : nous avons détecté des traces d'hybridation entre populations sauvages et/ou domestiques, se traduisant parfois par l'introgression de lignées mitogénomiques. A travers l'étude de chats anciens français, il apparaît que les évènements d'hybridation étaient fréquents, maintenant une proportion importante d'ascendance forestière chez les chats domestiques. Le cas particulier d'un chat français du Vieil-Évreux suggère par ailleurs l'existence d'une sélection précoce de chats pour un phénotype particulier par les Gallo-Romaines. Enfin nous avons effectué la caractérisation génomique à haute résolution de la population des Ghjatti Volpe en mettant en évidence leur singularité et homogénéité génétiques qui résulterait d'une adaptation à leur milieu plutôt que de l‘appauvrissement génétique d'une petite population. Leur bonne santé génétique semble résulter d'un équilibre entre une hybridation modérée avec des chats domestiques et une continuité territoriale permettant le brassage génétique des individus sauvages. Si leur origine exacte n'est pas encore connue, il est probable qu'ils aient été importés par un peuple méditerranéen en Corse dès l'Antiquité. Pris ensemble ces résultats participent à une meilleure compréhension du processus de domestication du chat, dont la diffusion est indissociable de sa propension à s'hybrider avec les populations locales, qui est antérieure aux prémices de sa domestication. Nos données sur l'hybridation et les marqueurs phénotypiques analysés sont en faveur d'un processus de domestication prolongé et extensif.