Pedigree-based methods to partition genetic gain and inbreeding load in dairy sheep

Méthodes basées sur la généalogie pour partitionner le gain génétique et le fardeau génétique chez les ovins laitiers Cette thèse explore des méthodes basées sur la généalogie pour partitionner le gain génétique et le fardeau génétique (FG) dans les races ovines laitières françaises : Lacaune (LAC), Basco-Béarnaise (BB), Manech Tête Noire (MTN) et Manech Tête Rousse (MTR). Le Chapitre 2 a utilisé une analyse rétrospective pour affiner la partition de la tendance génétique dans les échantillonnages mendéliens par catégorie d'animaux définies par le sexe et par la voie de sélection, ainsi que pour caractériser les contributions génétiques à long terme. Nous avons analysé le gain génétique pour la production laitière dans quatre races : LAC, BB, MTN et MTR. Les mères à béliers (MAB) et les mâles d’insémination artificielle (IA) ont été les sources les plus importantes de progrès génétique, comme l'a montré la décomposition des tendances de l'échantillonnage mendélien. Les contributions annuelles étaient plus variables pour les mâles d'IA que pour les MAB, étant donné que ces contributions ont été calculées en moyenne sur un plus petit nombre d'individus. En termes d'échantillonnage mendélien, les femelles ont contribué davantage que les mâles au gain génétique total, et nous interprétons cela comme étant dû au fait les femelles constituent un plus grand réservoir de diversité génétique. En outre, nous avons calculé les contributions à long terme de chaque individu aux pseudo-générations suivantes. L'échantillonnage mendélien était plus important que la moyenne des parents pour déterminer la sélection des individus et leurs contributions à long terme. Ces contributions étaient plus significatives pour les mâles d'IA (dont la descendance est plus importante que celle des femelles) et en BB qu’en LAC (étant une race de taille plus importante).Au Chapitre 3, la théorie qui montre la nature additive du FG est présentée. L'effet du FG et l'effet génétique additif (dans une population non consanguine) ont une corrélation négative dépendant de la fréquence des allèles, de la consanguinité et de la dominance. Nous avons calculé et décrit les coefficients de consanguinité partielle dans trois races : BB, MTN et MTR. Ensuite, nous avons inclus ces coefficients dans un modèle mixte en tant que covariables de régression aléatoire pour estimer la variance et les valeurs génétiques du FG pour la production laitière. Il existe une variance génétique pour le FG dans les races MTN et MTR, mais elle n'était pas différente de zéro pour BB. Comme attendu, nous avons estimé des corrélations génétiques négatives entre le FG et les valeurs génétiques estimées ; cependant, elles étaient proches de zéro dans les trois races. La faible magnitude du FG ne justifie pas une sélection fondée sur ce critère.Dans le Chapitre 4, nous avons évalué l'efficacité de l'intégration du FG dans les stratégies de sélection chez les ovins laitiers. Nous avons simulé 10 générations de sélection. Six scénarios qui diffèrent par les critères de sélection (uniquement les valeurs génétiques additive estimées du caractère, uniquement les valeurs génétiques estimées du FG, ou à la fois les deux) et les stratégies d’accouplement (minimiser le FG ou la consanguinité attendue dans la descendance) ont été évalués. Les scénarios ont été comparés en termes de gain génétique, coefficients et taux de consanguinité, taille efficace et précision de la sélection. Il est possible d'utiliser les prédictions des effets du FG pour sélectionner les animaux directement ou dans le cadre de stratégies d'accouplement. Cependant, la sélection basée sur le FG (en raison de sa variation et de sa magnitude) ne présente pas d'intérêt pratique. À la lumière de nos résultats, l'inclusion d'animaux génotypés pourrait améliorer la précision de la prédiction des FG individuelles. D'autres recherches sont nécessaires.