Methods to improve zoonotic disease surveillance in poor rural settings : the example of highly pathogenic avian influenza (A) H5N1 in Southeast Asia

Comment améliorer l'efficacité de la surveillance passive des zoonoses en zones rurales : exemple de la grippe avaire H5N1 en Asie du Sud-Est La propagation en Asie, Europe et Afrique du virus Influenza Aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1, l'épidémie de A/H1N1pdm en 2009, l'émergence de l'Influenza faiblement pathogène (IAFP), mais zoonotique, H7N9 en Chine en 2013 et la circulation récente de l'IAHP H5N8 en Europe, montrent que l'évolution permanente de ces virus chez les oiseaux, les humains et les porcs, pause un risque en santé humaine et animale au niveau mondial. Au cours des 10 dernières années, des efforts ont été fait pour renforcer les capacités en santé publique et vétérinaire. Malgré tout, le virus IAHP H5N1 reste endémique dans certains pays où il peut passer inaperçu dans les populations de volailles mais provoquent des cas humains. Ces pays sont caractérisés par une majorité de leur population vivant en zones rurales, une absence de systèmes de santé primaire et des secteurs de santé inefficaces.La surveillance passive (évènementielle) des maladies animales et humaines est souvent la seule méthode réalisable dans les milieux ruraux. Produisant une information incomplète, biaisée ou transmise avec des délais importants, elle a besoin d'être amélioré par des approches nouvelles mis en œuvre dans un cadre « One Health » prenant en compte les interfaces entre humains, animaux et environnement. Nous avons donc dans cette thèse conçu et/ou appliqué de nouvelles méthodes d'évaluation, de conception ou d'amélioration de la notification des cas d'IAHP H5N1 chez l'animal et chez l'homme en Asie du sud-est.Nous avons en premier examiné différentes alternatives d'évaluation. Nous avons appliqué des arbres de scénario (stochastique) pour modéliser et évaluer le système de surveillance de l'IAHP H5N1 en Thaïlande dans les systèmes traditionnels de productions avicoles. Nous avons estimé la sensibilité de la surveillance passive à 50 % (IC95 % 0,04-0,75) pour une détection maximale de 3 fermes infectées. Cela a montré l'utilité de cette méthode pour prouver l'absence de maladie dans les pays à ressources limitées. Par des méthodes participatives, nous avons impliqué les « agents communautaires de santé animale » dans leur propre évaluation et développé une nouvelle grille, qui comprend des indicateurs de succès utilisés par les agents eux-mêmes.Dans la seconde partie, nous avons examiné les méthodes pour améliorer la conception et l'efficacité de la surveillance passive. Nous avons appliqué la grille, pour évaluer 251 agents villageois dans trois provinces du Cambodge. La grille nous a permis de noter leur niveau d'activité et d'analyser, par régression logistique, les facteurs qui influencent l'obtention d'un score élevé. Puis, nous avons mis en place une étude pilote pour tester la déclaration par texto (SMS) auprès de 112 participants de 68 villages. L'objectif était de détecter des pics de mortalité et d'identifier plus rapidement les foyers de maladies infectieuses. Nous avons enfin utilisé l'analyse décisionnelle multicritère (MCDA) pour cartographier les risques de diffusion de l'IAHP H5N1 chez les volailles et les populations humaines en Thaïlande et au Cambodge, afin de renforcer la surveillance dans les zones à risque.En conclusion de ce travail, nous avons effectué une analyse comparative de deux environnements socio-économiques contraints : le Cambodge et Madagascar. Nous avons analysé les recherches mises en œuvre par le CIRAD (Centre Français de recherche pour le développement International) et ses partenaires dans ces 2 pays au cours de projets effectués ces 10 dernières années. L'objectif était de montrer comment de nouvelles approches pour les systèmes de surveillance peuvent être transférées entre différents pays aux contextes difficiles. A partir de cela, de nouvelles perspectives sont proposées.