SYSTÈMES AUTOMATIQUES D’IDENTIFICATION BACTÉRIENNE

Située au cœur des processus analytiques de bactériologieconventionnelle, l’identification bactérienne peut être réalisée àl’aide de méthodes phénotypiques, protéiques, immunologiqueset/ou moléculaires. Cependant, c’est à la fin des années 2000 quel’identification bactérienne en microbiologie clinique a connu une« révolution » avec l’introduction de la spectrométrie de massede type « Matrix Assisted Laser Desorption Ionization /Time ofFlight » [SM MALDI TOF] (Seng et al. 2009). Cette dernièrepermet l’obtention d’un résultat en quelques minutes, avec uninoculum très faible et avec des performances élevées (van Veen etal. 2010, Dubois et al. 2012, Martiny et al. 2012, Fang et al. 2012,Marko et al. 2012, and Vila et al. 2012). Néanmoins, l’achat et lamaintenance du spectromètre de masse et de la base de donnéesrestent couteux (Neville et al. 2011) et nécessitent un volume annueld’identifications supérieur à 12000/15000 identifications, seuil àpartir duquel le cout de l’identification bactérienne et fongiquedevient inférieur à ceux des galeries d’identification automatiséepar technique biochimique. D’autre part, la SM MALDI TOF nepermet pas de séparer des espèces phylogénétiquement prochesdont l’identification repose sur quelques caractères phénotypiques.Parmi ces espèces peut différentiables par la SM MALDI TOF onpeut citer entre autres Escherichia coli et Shigella sp, Klebsiellaspp, Raoultella spp, et certains streptocoques (se reporter auchapitre dédié sur la SM MALDI TOF). En deçà, l’identificationbactérienne automatisée par galerie biochimique conserve l’intérêtde pouvoir être réalisée sur les mêmes instruments que l’antibiogramme automatisé avec un niveau acceptable de performanceset un résultat en quelques heures. Ainsi, ce chapitre portera surl’étude de ces systèmes automatisés d’identification et exclue defacto, les identifications par spectrométrie de masse, par techniquesimmunologiques et par biologie moléculaire