Prevalence of drug-resistant tuberculosis assessed by next-generation sequencing : an 18-month nationwide study in Lebanon

Prévalence de tuberculose antibiorésistante évaluée par séquençage de nouvelle génération : une étude sur 18 mois à l'échelle nationale au Liban La tuberculose (TB) est la première maladie infectieuse mortelle, avec 10 millions de nouveaux cas estimés dans le monde en 2017. La résistance aux médicaments antituberculeux ainsi que le diagnostic de cette résistance sont particulièrement problématiques. Seulement 25% des 450 000 cas de tuberculose multi-résistante estimés au cours de la même année ont été diagnostiqués et traités comme tels.Bien que le Liban ait un faible taux de tuberculose, le contrôle de la maladie pose d’importants problèmes. Le Liban est le pays au monde accueillant la plus grande population de réfugiés par rapport à sa population nationale. Suite à la guerre en Syrie, le pays compte 1,5 million de réfugiés syriens, ainsi qu’un nombre important de réfugiés palestiniens et de travailleurs migrants. Ces populations sont particulièrement vulnérables face aux risques de tuberculose et à l’émergence de résistance aux antituberculeux. La dernière enquête nationale de prévalence de résistance aux antitberculeux avait été réalisée il y a 15 ans, bien avant le début de la crise syrienne en 2011. Même les taux les plus récents de tuberculose multi-résistante signalés reposaient en grande partie sur des estimations. Les tests de sensibilité aux antibiotiques (DST) de seconde intention et les traitements individualisés de tuberculose ultra-résistante (XDR) n'étaient jusqu’alors pas disponibles dans le pays.Afin d'obtenir une vue globale et actualisée de la situation de la tuberculose dans le pays, nous avons mis en place la première étude nationale combinant des tests phénotypiques et moléculaires avancés pour déterminer la prévalence et l'étendue de la résistance aux antituberculeux. Au total, 417 patients ont été inclus dans l’étude. Ils correspondent aux cas de tuberculose confirmés et signalés au programme national de lutte contre la tuberculose entre juin 2016 et novembre 2017. Des cultures en milieu Lowenstein-Jensen et/ou MGIT ainsi que des tests moléculaires GeneXpert MTB/RIF et/ou Anyplex MTB/NTM Real-Time ont été effectués au Liban pour confirmer le diagnostic et tester la sensibilité aux antituberculeux. À Lille, nous avons évalué, pour la première fois sur un échantillon national représentatif, un nouveau test de détection de résistances aux antibiotiques, Deeplex-MycTB. Ce test, basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) et en profondeur de l’ADN, permet une prédiction étendue des résistances aux antituberculeux ainsi qu’un génotypage des isolats de patients. Le typage MIRU-VNTR standardisé a été utilisé en combinaison pour définir les clusters moléculaires potentiellement évocateurs de souches de mycobactéries à circulation endémique ou à transmission épidémique.Pour la première fois dans le pays, sur les 354 cas de tuberculose à culture positive avec DST disponible, 3 cas de XDR, résistants au moins à la rifampicine (RIF), à l'isoniazide (INH), à la kanamycine (KAN)/amikacine (AMI) et à la lévofloxacine (LFX) ont été détectés, en plus de 5 cas multi-résistants (résistant au moins à RIF, INH) et un cas mono-résistant à la RIF. Parmi les cas restants, 3,4% (12/354) présentaient une résistance à l'INH et à la streptomycine (SM), 3,4% (12/354) une mono-résistance à l'INH, 0,3% (1/354) une mono-résistance à l'éthambutol (EMB), 8,5% (30/354) une mono-résistance à la SM, tandis que 81,9% (290/354) étaient sensibles aux 4 médicaments de première intention testés. Bien qu'aucun cas de tuberculose multi- ou ultra-résistante n'ait été trouvé dans des clusters moléculaires, un cluster important comprenant 36 autres patients a été identifié, suggérant une souche non résistante hautement endémique ou transmise activement.Deeplex-MycTB a prédit un total de 4184 sur les 4407 (94,9%) phénotypes possibles pour 339/348 (97,4%) échantillons analysables, dont 1282/1380 (92,9%) correspondaient aux résultats phénotypiques disponibles [...]