Épidémiologie et histoire naturelle de la variole du singe en République Centrafricaine

La variole du singe a une présentation clinique similaire à celle de la variole, avec un taux de létalité moindre entre 3 et 10 %. Suite à une transmission zoonotique initiale, le virus monkeypox se répand ensuite par transmission secondaire interhumaine. Si le réservoir animal n’est pas encore formellement identifié, les petits rongeurs de type écureuils arboricoles sont considérés comme les réservoirs les plus probables du virus. Préalablement à l’épidémie mondiale actuelle, la variole du singe était considérée comme une zoonose rare, confinée au continent africain. L’augmentation récente du nombre et de la fréquence des épidémies dans les pays endémiques, les changements épidémiologiques identifiés au Nigéria depuis 2017, ainsi que les exportations hors du continent Africain de cas animaux ou humains de plus en plus fréquentes, ont été des signaux d’alerte de la menace locale et globale représentée par cette zoonose. Depuis 2001, la République Centrafricaine a été un des rares pays à mettre en place une surveillance nationale de cette maladie endémique, avec une investigation systématique des cas confirmés réalisée par le laboratoire des fièvres hémorragiques virales, des zoonoses et virus émergents de l’Institut Pasteur de Bangui, dont les capacités de diagnostic biologique en font un centre de référence dans la sous-région. Depuis 2019, le projet AFRIPOX a développé une approche One Health pluridisciplinaire autour de la surveillance nationale afin de comprendre cette zoonose dans sa complexité et sous ses différents aspects : infection humaine, réservoir animal, écologie de la maladie, outils diagnostics. L’objectif de cette thèse est la description de l’histoire naturelle et de l’épidémiologie de la variole du singe en République Centrafricaine, à partir des investigations d’épidémies et à travers une approche One Health. L’analyse des données rétrospectives de la surveillance nationale de la variole du singe entre 2001 et 2021 permet de décrire les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 40 épidémies confirmées de variole du singe. La description d’une épidémie survenue en 2018 dans la région de la Lobaye, avec une présentation épidémiologique typique, donne un état de référence de l’épidémiologie de cette zoonose en Afrique centrale. Une épidémie survenue en 2021 caractérisée par une taille plus importante et sa situation en zone urbaine et dans une zone plus connectée, pourrait suggérer une évolution de l’épidémiologie de la maladie. Plusieurs épidémies survenues dans la Lobaye en 2019 au retour de camps de collecte de chenilles comestibles, soulèvent des hypothèses autour du rôle potentiel joué par ces camps forestiers saisonniers dans la survenue d’évènements zoonotiques, nécessitant des études complémentaires. Enfin, une analyse de l’hétérogénéité de la distribution spatiotemporelle des épidémies de variole du singe survenues en Afrique entre 1970 et 2021 a identifié une saisonnalité de la variole du singe dans les zones tropicales, appelant des recherches spécifiques ultérieures. L’ensemble de ces études est venu combler certaines zones d’ombre de la maladie dans son contexte d’émergence. En effet, bien que la RCA soit le quatrième pays le plus touché au monde par la variole du singe avant l’épidémie mondiale actuelle, les données épidémiologiques, cliniques et virologiques étaient préalablement rares. Cette thèse vise à produire des connaissances permettant aux autorités sanitaires d’adapter des mesures de prévention auprès des populations. Ces connaissances sont fondamentales pour circonscrire les épidémies localement et pour éviter une dissémination de la souche du clade 1 vers des zones non endémiques, dans la sous-région africaine et au-delà.