Role of NF90 in the miRNA pathway

Rôle de NF90 dans la voie des miARNs Le facteur nucléaire 90 (NF90) est une protéine de liaison à l’ARN (RBP) double brin qui est impliquée dans une pléthore de différents processus et voies cellulaires à la fois dans le noyau et le cytoplasme, tels que la transcription, l’épissage, la traduction et la stabilité ou la dégradation de l’ARNm. Pour cette raison, la compartimentation de NF90 dans le noyau ou le cytoplasme est un processus très important contrôlé par plusieurs stimuli tels que l’infection virale ou l’hypoxie. Au cours de cette thèse, nous avons analysé le rôle de NF90 dans la biogenèse des microARN (miARN) dans le noyau, et son rôle dans le contrôle de la traduction et la stabilité des ARN messagers (ARNm), dans le cytoplasme.Il a récemment été montré que la fraction nucléaire de NF90 est impliquée dans la régulation de la biogenèse des miARN en réprimant l’activité du microprocesseur. Cependant, ce mécanisme, que notre laboratoire avait précédemment lié à la progression et aux métastases du carcinome ovarien, n’est pas entièrement compris. Ici, nous montrons l’étendue de la régulation des pri-miARN médiés par NF90 dans le carcinome hépatocellulaire (CHC), pour lequel NF90 est un facteur de mauvais pronostic connu. Des approches à l’échelle du génome ont révélé que NF90 augmente potentiellement l’abondance de 286 miARN dans la lignée cellulaire HepG2. Parmi ceux-ci, 22 pri-miARN sont directement associés à NF90 via leur région en tige, alors qu’il ne sont pas liés au microprocesseur. Les pri-miARN ciblés par NF90 sont principalement introniques, très stables et ont une énergie libre plus faible et moins de mésappariements par rapport à tous les pri-miARN humains. Un groupe d’ARNm hébergeant des pri-miARN modulés et liés à NF90 était significativement diminué après la perte de NF90 ou présentait un défaut d’épissage dans les introns contenant les pri-miARN. Ces résultats suggèrent que NF90 est impliqué dans la biogenèse d’un sous-ensemble de miARN introniques hautement stables.Dans le cytoplasme, NF90 se lie aux ARNm, augmentant leur stabilité ou influençant leur traduction. Cependant, le mécanisme exact est encore largement inconnu. Ici, nous montrons que NF90 interagit avec des RBP impliquées dans le silençage induit par l’ARN (RISC), telles que le virus de la leucémie Moloney 10 (MOV10) et Argonaute 2 (Ago2), d’une manière dépendante de l’ARN. Lors de la sédimentation en gradient de glycérol, nous avons constaté que NF90, MOV10 et Ago2 peuvent être trouvés dans le même complexe dans la lignée cellulaire HEK293T. En utilisant les données publiées d’immunoprécipitation après cross-linking de NF90 (eCLIP) et de cross-linking UV à résolution nucléotidique de MOV10 (iCLIP), nous avons constaté que NF90 et MOV10 peuvent se lier aux 3’UTR des mêmes ARNm. Les analyses d’immunoprécipitation d’ARN (RIP) suggèrent que la liaison de MOV10 aux ARNm cibles pourrait empêcher ou réduire la liaison de NF90 sur les mêmes cibles, et vice versa. De plus, la perte de NF90 augmente l’association d’Ago2 aux ARNm cibles tout en réduisant leur abondance. Ces résultats suggèrent que NF90 pourrait avoir un rôle dans le silençage induit par RISC en inhibant sa fonction et en stabilisant les ARNm.