Contribution de la culturomique dans l'élucidation de la Dark Matter de la métagénomique bactérienne

Le rôle du microbiote humain dans la pathologie et la santé a été prouvé par de nombreuses études qui ont montré son implication majeure. L'outil par excellence pour l'étude du microbiote est la métagénomique, qui a permis de mettre en évidence la diversité des bactéries, mais aussi qu'une grande partie de cette diversité reste inconnue. La culturomique, qui se définit comme une technique de culture à haut débit, a été développée afin de surmonter cette partie inconnue du microbiote humain. L'objectif de ce travail est d'évaluer la contribution de la culturomique dans l'élucidation de la "dark matter" de la métagénomique.En première partie, nous avons avons exploré et caractérisé le microbiote de 8 sujets sains par la culturtomics et la métagénomique, et comparer les deux techniques en termes de nombres espèces identifiées et de proportion de « reads » couverte. Nous avons par la suite approfondi la question en comparant l’abondance relative médiane des « reads » des métagenomes bactérien de l’homme séquencés dans notre laboratoire, en présence et en absence des séquences correspondantes aux espèces découvertes par la culturomique.En deuxième partie, nous avons jugé nécessaire d'optimiser la méthodologie de culturomique, qui est très fastidieuse malgré ses nombreux avantages en comparant le rendement de 58 conditions de culture. Nous avons finalisé ce travail par l’établissement d’une revue bibliographique permettant de mettre à jour le répertoire des bactéries isolées au moins une fois chez l’homme par culture.