Apports des « omics » et de la bioinformatique à une meilleure caractérisation de la diversité virale et de ses déterminants : exemple des viromes de rongeurs en Guyane en milieux naturels intacts et perturbés.

L'Amazonie abrite l'une des plus grandes diversités d'espèces de vertébrés et invertébrés,potentiellement réservoirs et vecteurs de maladies zoonotiques. Au cours des dernières décennies,cette région néotropicale a connu de nombreuses épidémies virales associées auxchangements globaux, incluant aussi bien des modifications d’origine anthropique (déforestation,urbanisation, introgression de populations humaines dans des zones intactes) que climatiques(réchauffement, changement des régimes de pluie, sécheresse). Ces modificationsimpactent les distributions et les densités des populations vectrices et réservoirs, pouvantinduire des contacts accrus dans les zones d’interface avec les populations humaines et conduireainsi à des émergences.La Guyane rassemble sur son territoire toutes les conditions, environnementales, démographiqueset socio-économiques favorables au développement de maladies infectieuses émergenteset réémergentes. Elle héberge une grande diversité floristique et faunistique, laissantsupposer une diversité virale importante. Malgré cela, cette région est l'une des moins étudiéesen termes de diversité virale et de maladies d’origine zoonotique associées.Les rongeurs ont été décrits comme réservoirs de nombreux pathogènes humains, avec plusde 60 identifiés, dont au moins 20 virus d’intérêt. Ce nombre important est à associer à leurstatut d’espèces commensales de l’homme. En Guyane, les rongeurs ont été décrits commeréservoirs de différents virus. Parmi eux, on peut citer le virus Maripa, agent étiologiqued’hantaviroses qui induisent des syndromes cardio-pulmonaires chez l’homme, et deux arénavirus(les virus LCMV et Patawa) qui peuvent respectivement provoquer des méningiteset des fièvres hémorragiques dans les cas les plus sévères.L’objectif de cette thèse est de caractériser la diversité virale hébergée chez différentes espècesde rongeurs présents dans des habitats contrastés (forêts primaires et perturbées, zonede savanes et zones péri-urbaines) et de mieux comprendre comment l’environnement influencela diversité des virus identifiés. Cependant, réaliser un inventaire, le plus fiable possible,des séquences virales présentes dans un virome peut s’avérer complexe. En effet, lesméthodes analytiques et de traitements bioinformatiques peuvent introduire des biais dansla composition des viromes. Afin de pallier ce problème d’inventaire, nous avons développéun pipeline qui, appliqué aux données de métagénomiques, permet la détection et l’assignationde séquences chimériques et un gain dans le nombre de séquences virales identifiées.