Natural Diversity of CRISPR Spacers

La diversité naturelle des spacers CRISPR Le système CRISPR-Cas est un système immunitaire procaryote de type interférence ARN dirigé contre des éléments génétiques mobiles, tels que les virus et les plasmides. Le système consiste en un ou plusieurs loci CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ; courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées) associés à des protéines Cas (CRISPR-associated proteins) dont ils sont séparés par une séquence dite leader. Toutes les protéines Cas peuvent être fonctionnellement attribuées à des modules d'adaptation, d'expression et d'interférence. L’analyse des spacers CRISPR est une précieuse source d’informations sur les interactions virus-hôte, puisqu’ils correspondent à de courts fragments d’ADN de virus précédemment rencontrés et « enregistrés » dans les loci CRISPR. La comparaison des spacers environnementaux les uns avec les autres et avec des spacers de bases de données ainsi que des séquences de virus nous a permis de tirer plusieurs conclusions : 1) Une dynamique à long terme des spacers CRISPR I-E de E. coli a été étudiée en comparant la diversité des spacers dans les génomes publiés d'E. coli avec des spacers amplifiés à partir du contenu intestinal de mammouth. 2) Les spacers du CRISPRome des communautés naturelles de Thermus, Sulfolobus et Flavobacteries ciblent de préférence des virus isolés de la même source, avec différents systèmes CRISPR-Cas ciblant différents virus. 3) Les données CRISPRome de Flavobacterium et Sulfolobus (Chapitres II et IV) montrent un schéma phylogéographique.