Développement d'outils génétiques pour les mycoplasmes urogénitaux, Mycoplasma genitalium et Mycoplasma hominis

Mycoplasma hominis et Mycoplasma genitalium sont deux espèces responsables d’infections génitales et extra-génitales chez l’Homme. M. hominis étant difficilement manipulable sur le plan génétique et M. genitalium étant difficilement cultivable, les recherches concernant leur pathogénicité et leur épidémiologie moléculaire restent limitées.L’objectif de ce travail est le développement d'outils génétiques et génomiques chez les mycoplasmes urogénitaux et se découpe en trois parties : une partie plus fondamentale avec (i) l'amélioration de la transformation chez M. hominis et deux parties plus appliquées concernant (ii) le typage moléculaire et la recherche d'antibiorésistance pour les infections à M. genitalium ; et (iii) le développement du « Whole Genome Sequencing » par la technique de DNA capture pour M. genitalium.Un protocole de transformation avait été développé par le laboratoire pour M. hominis ; nous avons cherché à améliorer l'efficacité de la transformation en développant des dérivés du plasmide pMT85-Tet, mieux adaptés à M. hominis. L'utilisation du promoteur synthétique SynMyco en amont du gène de résistance à la tétracycline dérivé d’un isolat clinique de M. hominis a permis de multiplier l'efficacité de la transformation par 100. Ceci autorise la génération et la caractérisation de banques de mutants et représente un outil majeur pour élucider la pathogénicité de M. hominis. Pour démontrer l'intérêt de cette stratégie, nous avons sélectionné un transformant dans lequel le transposon a été intégré dans le locus codant pour le système de clivage des immunoglobulines MIB-MIP. La caractérisation phénotypique a montré que la souche sauvage possédait un système MIB-MIP fonctionnel, alors que la souche mutante avait perdu la capacité à cliver les immunoglobulines humaines.Le typage moléculaire et la recherche d'antibiorésistance pour les infections à M. genitalium a été réalisé dans deux cohortes : (i) une cohorte d'hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes utilisateurs de la prophylaxie pré-exposition contre le VIH (PrEP) ou infectés par le VIH suivis en métropole et (ii) une cohorte de femmes dépistées lors des enquêtes de prévalence menées en métropole et en Outre-mer. Le typage moléculaire basé sur l’analyse du polymorphisme du gène mgpB et l’analyse des motifs répétés en tandem dans le locus MG309 a permis de mettre en évidence les réseaux sexuels de transmission. Ceux-ci différaient en fonction du genre et de la localisation géographique des patients. La recherche des mutations dans le gène de l’ARNr 23S et dans les gènes parC et gyrA a montré que la prévalence de la résistance aux macrolides et aux fluoroquinolones était significativement plus élevée chez les hommes que chez les femmes (respectivement 95,4% vs 14,1% et 30,6% vs 7,2%, p<0,001). Nous avons montré que la diffusion de la résistance était polyclonale. Toutefois, une diffusion clonale de deux souches doublement résistantes a été observée au sein de notre cohorte de PrEPeurs.Enfin, l’objectif de la dernière partie de ces travaux était de développer une technique de séquençage de génome directement à partir d'échantillons cliniques positifs pour M. genitalium afin d’obtenir des données plus exhaustives sur les liens phylogénétiques entre les souches, d’identifier de nouveaux marqueurs génétiques et les mutations liées à la résistance. Pour pallier à l’absence de culture et à la faible charge bactérienne dans les échantillons cliniques, nous avons mis au point une méthode de séquençage haut débit automatisée basée sur la technique de DNA capture permettant d’enrichir l’échantillon en ADN cible.Ces travaux nous ont permis d’améliorer et de développer des outils nécessaires à la compréhension de la physiopathologie des infections à M. hominis et de l’épidémiologie des infections à M. genitalium dans un contexte d’augmentation des infection sexuellement transmissibles résistantes aux antibiotiques.